Les archéologues utilisent plusieurs logiciels pour leurs études, parmi lesquels figurent des logiciels libres tels que Cesium, Grass GIS, GvSIG, Open Jump, OsGeo/OSSIM, Philcarto et QGIS. QGIS est un logiciel SIG gérant les images matricielles et vectorielles, ainsi que les bases de données, et il permet de créer, d'éditer, de visualiser et d'analyser des données géospatiales. Il s'agit actuellement du logiciel employé dans la formation aux SIG de l'université Paris 1 Panthéon-Sorbonne. Les logiciels propriétaires et payants utilisés par les archéologues comprennent ArcGIS, qui est un système complet permettant de collecter, analyser, gérer, organiser et diffuser des informations géographiques, ainsi que Global Mapper, qui permet de gérer les données vectorielles et les rasters et présente d'autres fonctionnalités générales. Géoclip et Géoconcept sont également utilisés pour créer des cartographies thématiques et statistiques interactives et pour collecter, représenter, organiser, analyser et partager des données géographiques. De plus, iDAI.geoserver héberge un ensemble de données SIG, cartes et documents liés à l'archéologie et au patrimoine culturel, qui sont partagées et téléchargeables entre les utilisateurs enregistrés. Avec QGIS, ArcGIS est le logiciel SIG le plus utilisé par les archéologues.