En 2011, le recensement de la population a révélé d’importants changements dans la composition religieuse de l’Estonie : en effet, la religion orthodoxe est, pour la première fois, la confession la plus importante. Selon le recensement de 2011, 16 % de la population âgée de plus de 15 ans se définit comme chrétienne orthodoxe contre 12,8 % lors du recensement de 2000.
La communauté orthodoxe en Estonie se répartit entre l’Église orthodoxe apostolique d’Estonie et l’Église orthodoxe estonienne du Patriarcat de Moscou.
L’Église évangélique luthérienne d’Estonie, regroupant 164 congrégations, est la plus grande institution religieuse en Estonie.
Selon le recensement de 2011, 10 % de la population ayant plus de 15 ans se considéraient comme luthériens alors que le chiffre était de 13,6 % pour le recensement de 2000.
Les Églises chrétiennes et associations religieuses, exceptées l’Église évangélique luthérienne et l’Église orthodoxe, représentent moins de 1 % de la population.
La plus grande tradition non-chrétienne en Estonie est l’islam.
Les musulmans constituent 0,1 % de la population totale.